Celní správa bude k 1. 11. 2009 připravena k připojení do Informačního systému datových schránek (ISDS) prostřednictvím zřízených datových schránek. Každý celní orgán (Generální ředitelství cel v Praze, 8 celních ředitelství a 54 celních úřadů) bude mít aktivovanou svou vlastní datovou schránku. Prostřednictvím těchto datových schránek lze se všemi uvedenými celními orgány, jako orgány veřejné moci, v souladu se zákonem č. 300/2008 Sb. o o elektronických úkonech a autorizované konverzi dokumentů, ve znění pozdějších předpisů, (dále jen „zákon“) elektronicky komunikovat.

V souladu s ustanovením § 18 odst. 1 zákona nebudou fyzické a právnické osoby, resp. podnikatelské subjekty s celními orgány komunikovat prostřednictvím datových schránek v rámci podávání celních prohlášení na propuštění zboží do celního režimu, neboť to povaha daných dokumentů neumožňuje.

Dále nebudou fyzické a právnické osoby, resp. podnikatelské subjekty s celními orgány komunikovat, rovněž v souladu s ustanovením § 18 odst. 1 zákona, prostřednictvím datových schránek v celním a daňovém řízení v těchto případech:

    Celní správa žádá všechny plátce daně, podnikatelské subjekty a orgány veřejné moci, aby i nadále používaly veškeré aplikace, schválená datová a funkční rozhraní či jiná rozhraní, v souladu s podmínkami stanovenými v příslušných povoleních pro elektronickou komunikaci s celními orgány.