CŘ Plzeň má postavení vnitřní organizační jednotky Generálního ředitelství cel. Svěřené kompetence celního ředitelství jsou vymezeny ustanovením § 4 zákona o celní správě.

V oblasti celnictví a v rámci své vymezené působnosti celní ředitelství

• - řídí celní úřady ve svém územním obvodu, s výjimkou případů, kdy je řídí Generální ředitelství cel,
• - rozhoduje o povolení být ručitelem pro globální zajištění celního dluhu, o udělení povolení nezajišťovat celní dluh v režimu tranzitu, vydává (na základě žádosti) závazné informace o původu zboží,
• - rozhoduje (na základě žádosti) o povolení osvědčovat na faktuře nebo jiném obchodním dokladu původ zboží,
• - spravuje cla v rozsahu a způsobem stanoveným právním předpisem upravujícím správu daní a poplatků, pokud zvláštní právní předpisy nestanoví jinak,
• - spravuje daně v rozsahu a způsobem stanoveným právním předpisem upravujícím správu daní,
• - provádí pátrání v oblasti podloudné přepravy a nelegálního obchodu se zbraněmi, střelivem, výbušninami, vojenským materiálem a radioaktivními látkami,
• - v postavení policejního orgánu provádí úkony v řízení o vybraných trestných činech (spáchaných porušením celních předpisů a předpisů o dovozu, vývozu nebo průvozu zboží, a dále porušením právních předpisů při umístění a pořízení zboží v členských státech Evropských společenství, je-li toto zboží dopravováno přes státní hranice ČR, a v případech porušení předpisů daňových, jsou-li celní orgány správcem daně),
• - zajišťuje výkon mobilních kontrolních činností prostřednictvím mobilních skupin.

CŘ  Plzeň dále

• - spravuje depozitář materiálů z historie celní správy a stálou výstavní expozici historie celnictví.

Územní obvod CŘ Plzeň je tvořen územními obvody podřízených celních úřadů:

• CÚ Domažlice – vykonává působnost v územních obvodech obcí s rozšířenou působností Domažlice a Horšovský Týn

• CÚ Cheb – vykonává působnost v územních obvodech obcí s rozšířenou působností Aš, Cheb a Mariánské Lázně

• CÚ Karlovy Vary – vykonává působnost v územních obvodech obcí s rozšířenou působností Karlovy Vary, Kraslice, Ostrov a Sokolov

• CÚ Klatovy – vykonává působnost v územních obvodech obcí s rozšířenou působností Horažďovice, Klatovy a Sušice

• CÚ Plzeň – vykonává působnost v územních obvodech obcí s rozšířenou působností Blovice, Kralovice, Nepomuk, Nýřany, Plzeň, Přeštice, Rokycany a Stod 

• CÚ Tachov – vykonává působnost v územních obvodech obcí s rozšířenou působností Stříbro a Tachov