Celně technická laboratoř vyšla při stanovení cílů dalšího postupu ze závěrů mezinárodního semináře Matthaeus, konaného v říjnu 1996 v Madridu pod názvem "Celní laboratoře v roce 2000", který byl pořádán pro zástupce celních laboratoří států EU, a na který byli přizváni jako pozorovatelé i zástupci celních laboratoří řady nečlenských evropských států. Na tomto semináři byla zcela jasně deklarována nezbytnost vytvoření jednotného evropského systému celních laboratoří, ve kterém by zaujaly místo též státy, o které by se EU rozšířila. Základním předpokladem pro vytvoření spolupráce celních laboratoří jednotlivých zemí Evropy bylo vytvoření funkčního systému jakosti (SJ) ve smyslu normy EN 45001 (nyní ČSN EN ISO/IEC 17025) s cílem získat osvědčení o akreditaci vybraných zkušebních metod.
Akreditace má pro laboratoř mimořádný význam v oblasti posílení důvěry zákazníka a právních záležitostí a v oblasti vzájemného uznávání výsledků laboratorních zkoušek. Vytvoření systému jakosti není snadné a znamená aktivní účast všech pracovníků laboratoře na jeho tvorbě a hlavně pochopení jeho smyslu a významu.CTL zintenzivnila po roce 1996 práce na přípravě systému managementu. Byla ustanovena funkce manažera kvality, za jehož koordinace byla zdokumentována veškerá odborná i administrativní činnost laboratoře do formy "Příručky kvality" a souboru souvisejících dokumentů, v nichž je veškerá činnost laboratoře detailně popsána. Byla též popsána organizační struktura CTL a byly ustanoveny další řídící funkce: např. Technický manažer, správce LIMS, Tarifér a Metrolog.
Po více než ročním úsilí byly připraveny k zahájení akreditačního procesu dva okruhy zkušebních metod. První se týkala zkoušek komodit z oblasti alkoholu a alkoholických a nealkoholických produktů, druhá obsahovala zkoušky ropných derivátů - paliv a maziv. V říjnu 1997 získaly CTL po provedeném auditu specialisty ČIA pro tyto zkušební metody osvědčení o akreditaci.
Systém managementu jakosti se neustále rozvíjel. Jedním ze způsobů jeho rozvoje je certifikace ve smyslu normy ČSN EN ISO 9001. Proto bylo přikročeno k přepracování systémové dokumentace do formy, kde jsou základní činnosti znázorněny formou vývojových diagramů jednotlivých procesů s vyznačením odpovědnosti jednotlivých zaměstnanců – do řízení CTL byl aplikován procesní přístup. Certifikaci provedla společnost RWTÜV (nyní TÜV NORD Czech), která má mezinárodní působnost. CTL získala tento prestižní certifikát v roce 1999. V roce 2008 celní správa získala certifikaci celé práce se vzorkem včetně vzorkování.