Systém obrazové analýzy byl do CTL uveden do provozu na počátku roku 1997. Skládá se ze tří částí: z optického mikroskopu, makro soustavy a PC se SW pro obrazovou analýzu. Optický mikroskop s mikrofotografickým zařízením umožňuje pozorování mikroskopických preparátů v procházejícím i v odraženém světle při zvětšení 1000x a při použití zoomu pak ještě větším. K dalšímu příslušenství patří vybavení pro epifluorescenci, dále pro temné pole, polarizované světlo a Nomarského DIC v odraženém i procházejícím světle. Makro soustava je tvořena repro stativem s osvětlovací soustavou. Na stativ je možno připevnit barevnou video kameru s makro video zoom objektivy, které umožňují vytváření dokumentačních snímků nebo obrazů s různým zvětšením a nahrazují tak částečně stereomikroskop. Obrazy z mikroskopu nebo z makrooptiky snímané barevnou kamerou nebo černobílou kamerou mohou být archivovány, softwarově upravovány, proměřovány a dále matematicky zpracovávány.
Optický mikroskop ve spojení s obrazovou analýzou je využíván např. v analýze papíru pro zjištění přítomnosti anorganického nátěru a stanovení vlákninového složení. U keramických dlaždic se posuzuje glazování. U dřevin se podle buněčné stavby rozlišují jejich druhy. U vzorků tabáku se sleduje složení a distribuce vláken (částic). Dále tato technika nachází uplatnění při rozlišování druhů vláken, škrobů, měří se tloušťka tenkých vrstev apod. Makro soustava se používá k dokumentaci vzorků, při posuzování heterogenních směsí, měření velikosti částic u sypkých materiálů, při rozlišení dřevovláknitých desek apod. Rozsah aplikací celého systému je velký a dále se rozšiřuje podle problémů, které vyvstávají u nově analyzovaných vzorků (kontrolní pásky na výrobcích z lihu, tabáku, dálniční kupony, celní závěry apod.).