V srpnu 2002 postihly Českou republiku záplavy historických rozměrů. Přestože se několikadenní záplavy očekávaly, skutečná síla vody přesáhla ty nejhorší předpovědi. V pondělí, 12. srpna odpoledne, začala voda v řece Vltavě rychle stoupat. Několik pracovníků z pražské Celně technické laboratoře se rozhodlo setrvat v laboratoři přes noc. Během noci zaměřili své síly na přemístění drahých zařízení, počítačové techniky a nejvýznamnějších dokumentů a dokumentace do vyšších pater budovy. Díky tomuto rozhodnutí většina zařízení a dokumentů byla zachráněna. V úterý 13. srpna 2002 byla laboratoř uzavřena z důvodů zaplavení. Město Praha zažívalo tu nejhorší potopu v dosud zaznamenané historii. Část Prahy, v které byla celní laboratoř situována, se stala městem “duchů”: bez obyvatel, bez elektrické energie a pouze s houkáním policejních sirén. Množství vody v laboratoři bylo tak veliké, že přízemí laboratoře bylo zaplavené až ke stropu. Ve středu, 14. srpna 2002 řeka Vltava dosáhla vrcholu její hladiny při 7,85 m.
Laboratoř byla uzavřena do pátku 16. srpna, kdy hladina záplavové vody klesla a řeka Vltava začala ustupovat. V sobotu 17. srpna, 2002 bylo možné se vrátit zpět. Největší s českých celních laboratoří - Celně technická laboratoř v Praze byla velice zničená. Pracovníci laboratoře byly otřeseni pohledem na laboratoř v ruinách, nicméně začali okamžitě s rozsáhlým čištěním a renovací.
Konstrukce budovy byla prověřena a prohlášena za bezpečnou, stavebně nepoškozenou, nicméně několik spár a prasklin se na vnitřních zdích objevilo. Uskladněné a nedokončené vzorky byly poškozeny a ztraceny. Přístroje jako např. IČ, UV/VIS a GC/MS spektrometry a GC a HPLC chromatografy a jiné menší laboratorní přístroje jako titrátory, hustoměry, refraktometry a polarimetr byly zachráněny ve vyšších patrech budovy. Bohužel velké a těžké analytické systémy jako NMR, IRMS, ICP a RFX spektrometry a některé ze speciálních přístrojů a strojů pro analýzu ropných produktů bylo nemožné přemístit do vyšších pater. S překvapením bylo zjištěno, že např. zaplavený NMR magnet fungoval po servisním zásahu bezchybně.
Po záplavě začala rozsáhlá renovace a rekonstrukce laboratoře. Zaměstnanci laboratoře pracovali skoro dva měsíce na fyzické rekonstrukci pracoviště. Pracovníci pracovali přesčas a bez elektrické energie. Bohužel i přes maximální úsilí se nepodařilo obnovit všechny laboratorní přístroje. Úplné znovuobnovení všech činností včetně vybavení všemi analytickými systémy a laboratorními přístroji, které byly těžce poškozené, bylo možné až koncem roku 2003.
Zaplavení a poškození celní laboratoře mělo za následek urychlení výstavby nové budovy CTL Praha dle již předem připravených plánů. Tento nový technický objekt je umístěn na bezpečném místě, vedle budovy Generálního ředitelství cel na Praze 4, daleko od řeky. Výstavba této budovy byla dokončena v roce 2004.