Další důležitou oblastí činnosti Celní správy ČR je problematika pátrání, která se zaměřuje na odhalování případů, kdy byly porušeny celní a daňové předpisy v souvislosti s dovozem, vývozem nebo tranzitem zboží. K takovému porušování předpisů dochází nejčastěji u textilního zboží, elektroniky, motorových vozidel, zemědělských a potravinářských výrobků a u zboží zatíženého spotřební daní. Útvary pátrání jsou při odhalování a šetření trestné činnosti oprávněny používat tzv. operativně pátracích prostředků, včetně podpůrných, jako sledování osob a věcí, sledovaná zásilka, využití informátorů apod. Jejich činnost směřuje i proti pachatelům závažných trestných činů i organizovaného zločinu. Velmi dobrých výsledků dosahují celní orgány v boji proti drogám. Celní správa je v tomto ohledu zapojena do celé řady mezinárodních organizací, informačních systémů a pracovních skupin. Je jimi hodnocena jako spolehlivý a odpovědný partner, disponující potřebnými pravomocemi a prostředky, spolupracující na vysoké profesionální úrovni. V minulých letech byl zřízen zvláštní útvar Skupina operativního nasazení, jež je určena k mimořádným činnostem při zajišťování pachatelů trestné činnosti, a to nejen v oblasti boje proti drogám. Disponuje skvěle vycvičenými a vybavenými specialisty pro zvlášť nebezpečné a krizové situace, jejichž výcviku je věnována velká pozornost nejen z hlediska fyzické, ale i psychologické přípravy. K efektivnímu zajišťování úkolů v oblasti mezinárodní spolupráce byla zřízena Národní koordinační jednotka, která na základě mezinárodních smluv vyřizuje žádosti o pomoc při šetření případů porušení vnitrostátních a komunitárních celních předpisů. Nezbytným předpokladem k realizaci všech těchto činností je centrální shromažďování informací a zajištění informační podpory výkonným útvarům. Tento úkol zabezpečuje nepřetržitou službou Operační centrum Generálního ředitelství cel. V oblasti protidrogové problematiky a dále v oblasti zajištění bezpečnosti celních orgánů jsou využíváni služební psi. K jejich výcviku má Celní správa ČR vlastní výcvikové středisko v Heřmanicích, které získalo statut evropského výcvikového centra. Celní správa ČR disponuje 64 služebními psy, z nichž polovina je určena pro detekci drog nebo cigaret.