Celní řízení doznalo výrazných změn již v 90. letech, kdy došlo k jeho značnému zjednodušení díky zavedení a zdokonalování celního informačního systému i na základě změn celních předpisů, které směřovaly ke zjednodušení celních formalit. K zásadní změně pak došlo v souvislosti se vstupem ČR do EU. Postupy celních orgánů v rámci celního řízení od toho okamžiku přestala upravovat národní legislativa a tato oblast přešla pod správu legislativy EU, která definuje jednotné postupy celního řízení pro všechny členské státy EU. Trend zjednodušování a další elektronizace celního řízení tím však ani zdaleka neskončil. Celní správa České republiky se aktivně zapojila do procesu modernizace celního řízení, který vychází zejména z vytvoření nového celního kodexu EU a z návazného programu jednotného počítačového zpracování celních režimů v rámci EU takzvaného e-Customs. V této oblasti celní správa navazuje na úspěšné zvládnutí počítačového zpracování režimu tranzitu za použití systému NCTS. Tyto zkušenosti jsou využívány k postupnému zavádění dalších systémů, jimiž jsou Systém kontroly vývozu (ECS), Automatizovaný vývozní systém (AES), Systém kontroly dovozu (ICS) a Automatizovaný dovozní systém (AIS). Cílem zavádění těchto moderních postupů je zjednodušení a další sjednocení celního řízení ve všech členských státech EU při zavedení nových bezpečnostních opatření v rámci společného boje proti terorismu.