Základní úkoly v oblasti zajištění ochrany trhu a bezpečnosti mezinárodního obchodu jsou v zásadě všem celním správám společné. Mezinárodní obchod se vždy dotýká minimálně dvou a zpravidla více celních správ a každá z nich má kontrolu jen nad částí celé obchodní operace. Z toho důvodu je nezbytné, aby celní správy vzájemně úzce spolupracovaly, a to na základě mezinárodních smluv, které poskytují právní rámec pro výměnu informací, předávání dokumentů, vzájemnou pomoc při šetřeních týkajících se porušování celních předpisů, apod. Česká republika podepsala smlouvy o vzájemné pomoci v celních otázkách s více než dvaceti státy. V tomto ohledu nelze opominout ani další podstatnou skutečnost, že Celní správa České republiky patří k dlouholetým členům Světové celní organizace, což významnou měrou přispívá ke snazší komunikaci s ostatními celními správami po celém světě. Je samozřejmé, že nejužší spolupráce probíhá mezi celními správami Evropské unie, které společně zajišťují provádění dohledu nad jednotným celním územím Společenství na základě společné celní legislativy. Tato spolupráce je upravena právními předpisy EU a je rozšířena Úmluvou Neapol II a Úmluvou o celním informačním systému. Důležitým úkolem Evropské komise je zajistit, aby společné celní předpisy byly prováděny na celém území EU jednotně a pro všechny obchodní subjekty ve Společenství, které dovážejí nebo vyvážejí zboží, tak existovaly stejné podmínky. Z tohoto důvodu Evropská komise vytvořila program Customs 2007, jehož účelem je umožnit výměnu zkušeností mezi celními správami členských zemí EU. Česká celní správa se do tohoto komunitárního programu zapojila již koncem 90. let a nadále se ho aktivně účastní.