S nabytím účinnosti zákona o Celní správě České republiky dojde od 1. 1. 2013 k celkové reorganizaci. Novou organizační strukturu bude tvořit Generální ředitelství cel, 14 „krajských“ celních úřadů a dále, vzhledem ke specifické působnosti spočívající v dohledu na vnější hranici Evropské unie, Celní úřad Praha Ruzyně.
V rámci reorganizace přechází celní správa ze současného třístupňového na dvoustupňový model řízení. Zůstává Generální ředitelství cel. Zaniknou stávající regionální celní ředitelství a celní úřady a vzniknou „krajské“ celní úřady a jejich územní pracoviště. Reorganizace umožní celní správě pružněji reagovat na situaci v jednotlivých regionech a zároveň efektivněji řídit výkon služby. V rámci přípravy na dvoustupňovou strukturu probíhala v průběhu druhé poloviny letošního roku na celostátní i regionální úrovni řada jednání a seminářů s podnikatelskou veřejností, jejichž snahou bylo najít optimální řešení budoucí komunikace v rámci celních, daňových a správních řízení.
Sídlem celních úřadů budou sídla vyšších územních samosprávných celků (krajů), jejichž názvy je součástí názvu celního úřadu. Geografické rozložení a informace o vykonávaných agendách jsou zveřejněny i na internetových stránkách celní správy. Reorganizace celní správy se výraznějším způsobem dotýká subjektů, které podnikají v oblastech obchodování se zahraničím a subjektů, které v tuzemsku nakládají s výrobky zatíženými spotřební daní. Na běžného občana by neměla mít změna organizační struktury prakticky žádný vliv, neboť Česká republika je obklopena pouze státy Evropské unie a nákupy v rámci turistiky v Evropské unii nepodléhají mezi členskými státy celním formalitám.
V současné době tvoří strukturu celní správy Generální ředitelství cel, 8 celních ředitelství a 54 celních úřadů.