Na počátku července 2005 byl za podpory Evropské komise a členských států EU zahájen pilotní provoz použití komputerizovaného systému pro režim tranzitu (NCTS) pro evidenci použití karnetů TIR na území EU. Pilotní provoz vztahuje na celní úřady odeslání/vstupu a celní úřady určení/výstupu těch členských států EU, které k němu přistoupily.
Pilotní provoz zahrnuje zápis údajů o zboží propuštěném do režimu tranzitu s karnetem TIR do systému NCTS a elektronickou výměnu datových zpráv mezi celními úřady odeslání/vstupu a celními úřady určení/výstupu na území EU. Karnet TIR i nadále zůstává celním prohlášením do režimu tranzitu.
V rámci Celní správy ČR byl výše uvedený pilotní provoz zahájen pro všechny celní úřady určení/výstupu dne 4. 7. 2005 a celní úřady odeslání/vstupu budou do pilotního provozu postupně zapojovány od 15. 9. 2005. Předpokládá se, že pilotní provoz bude ukončen a stane se standardním způsobem evidence tranzitních operací na podkladě karnetu TIR ve všech členských státech EU v průběhu roku 2006.
Aktualizovaný seznam členských států EU zapojených do pilotního provozu je uveřejněn na internetových stránkách Celní správy ČR (www.cs.mfcr.cz), v sekci „Informace CS“ „Informace pro deklaranty“ „Režim tranzitu na podkladě karnetu TIR“.