Celní správa má oprávnění zastavovat vozidla na celém území ČR za účelem kontroly převáženého zboží. Na dálnicích pak celníci kontrolují elektronické mýtné a dálniční známky.
V průběhu roku 2017 dostaly hlídky celní správy navíc nový úkol. Při kontrole vozidel zároveň prověřují v centrální databázi, zda řidič nemá u Celní správy ČR evidován daňový nedoplatek. V případě pozitivního zjištění dlužníka písemně upozorní na výši jeho daňového nedoplatku nebo dlužník může nedoplatek na místě u hlídky uhradit. Není výjimkou, že během jednoho dne hlídka náhodně zastaví i šest dlužníků. Vloni na dálnici D5 svůj dluh uhradilo 45 kontrolovaných řidičů.
Celní správa má v rámci tzv. dělené správy v kompetenci vymáhání nedoplatků, např. nezaplacených pokut uložených i jinými státními institucemi. Nejčastěji se jedná o nezaplacené pokuty uložené policií. V případě, že dlužníci nedoplatek neuhradí, může celní správa nedoplatek exekučně vymáhat. Exekuce probíhají nejčastěji formou srážek ze mzdy, přikázáním pohledávky z účtu nebo také prodejem movitých věcí.
Celní úřad pro Plzeňský kraj v současné době eviduje 27.600 případů nedoplatků.
