S nabytím účinnosti zákona o Celní správě České republiky dojde od 1. 1. 2013 k celkové reorganizaci. Novou organizační strukturu bude tvořit Generální ředitelství cel, 14 „krajských“ celních úřadů a dále, vzhledem ke specifické působnosti spočívající v dohledu na vnější hranici Evropské unie, Celní úřad Praha Ruzyně.
V rámci reorganizace přechází celní správa ze současného třístupňového na dvoustupňový model řízení. Zůstává Generální ředitelství cel, zaniknou stávající regionální celní ředitelství a celní úřady, vzniknou „krajské“ celní úřady a jejich územní pracoviště.
Současné Celní ředitelství Brno zanikne a vzniknou dva samostatné celní úřady.
• Celní úřad pro Jihomoravský kraj se sídlem v Brně na Kolišti 17 (vedení úřadu) a detašovaným pracovištěm v Brně na Řipské 9 (agenda celní, daňová, právní a vymáhání)
- územní pracoviště v sídlech stávajících celních úřadů, poboček či detašovaných oddělení - Blansko (agenda celní a daňová), Břeclav (agenda daňová), Lanžhot D2 (agenda celní), Hodonín (agenda celní a daňová), Vyškov (agenda daňová) a Znojmo (agenda daňová)
• Celní úřad pro Kraj Vysočina se sídlem ve Stříteži u Jihlavy č. p. 5 (u sjezdu z dálnice D1)
- územní pracoviště v sídlech stávajících celních úřadů, poboček či detašovaných oddělení – Pelhřimov (agenda celní a daňová), Třebíč (agenda daňová) a Žďár nad Sázavou (agenda celní a daňová)
Veškeré kontaktní údaje budou zveřejněny k 1. 1. 2013 na internetových stránkách celní správy http://www.celnisprava.cz/CZ/Stranky/default.aspx. Mapa budoucích útvarů celní správy a další informace o změně organizační struktury jsou již nyní k dispozici na stránkách www.celnisprava.cz
Reorganizace celní správy se výraznějším způsobem dotýká subjektů, které podnikají v oblastech obchodování se zahraničím a subjektů, které v tuzemsku nakládají s výrobky zatíženými spotřební daní. Na běžného občana by neměla mít změna organizační struktury prakticky žádný vliv, neboť Česká republika je obklopena pouze státy Evropské unie a nákupy v rámci turistiky v Evropské unii nepodléhají mezi členskými státy celním formalitám.
