Celní správa ČR bude mít od 1. ledna 2013 novou organizační strukturu. Dvoustupňovou organizační strukturu bude tvořit Generální ředitelství cel a 15 celních úřadů (14 krajských celních úřadů a Celní úřad Praha Ruzyně). S účinností zákona č. 17/2012 Sb., o Celní správě České republiky, se zrušují k 31.12.2012 celní ředitelství a celní úřady zřízené podle současných právních předpisů. Nově budou zřízeny celní úřady, jejichž sídlem budou sídla vyššího územního samosprávního celku, jehož název je součástí názvu celního úřadu. V sídle každého kraje vznikne jeden celní úřad. Seznam územních pracovišť v územní působnosti celních úřadů stanovuje vyhláška č. 285/2012 Sb., o územních pracovištích celních úřadů, která se nenacházejí v jejich sídlech.
Celní ředitelství České Budějovice a stávající celní úřady v jeho působnosti budou k 31.12.2012 zrušeny a od 1.1.2013 bude zřízen Celní úřad pro Jihočeský kraj.
Celní úřad pro Jihočeský kraj bude sídlit na adrese: Kasárenská 6, České Budějovice
Některá oddělení Celního úřadu pro Jihočeský kraj budou vykonávat agendu na adrese Vrbenská 2047/8, 370 21 České Budějovice (např. celní a daňové řízení).
Celní úřad pro Jihočeský kraj bude mít tři územní pracoviště.
Územní pracoviště v Táboře na adrese Chýnovská 2115, 390 02 Tábor (celní a daňové řízení).
Územní pracoviště ve Strakonicích na adrese Heydukova 1111, 383 01 Strakonice (celní a daňové řízení).
Územní pracoviště v Jindřichově Hradci na adrese Jiráskovo předměstí 635/III, 377 04 Jindřichův Hradec (daňové řízení).
Mapa budoucích útvarů celní správy a další informace o změně organizační struktury jsou k dispozici na stránkách www.celnisprava.cz